Le Secrétariat général du ministère est l’organe chargé de l’exécution correcte de la mission du ministère. Il veille à l’atteinte des résultats et à la satisfaction des citoyens. Il assure la continuité de l’administration du ministère.

A ce titre et sous l’autorité du Ministre, il :

• propose en liaison avec le Cabinet les orientations stratégiques destinées à traduire la vision, les politiques et les stratégies du Gouvernement, dans les secteurs d’activités relevant du ministère ;
• veille à la mise en œuvre du programme d’actions du Gouvernement et des orientations stratégiques du département en collaboration avec le Cabinet du Ministre ;
• veille à aligner toutes les directions centrales, directions techniques et directions départementales sur les orientations stratégiques et les priorités Gouvernementales ;
• élabore et met en œuvre un programme de renforcement du leadership au sein du ministère ;
• émet un avis technique sur les dossiers soumis à l’étude et à la décision du Ministre ;
• élabore, met en œuvre, évalue et capitalise le plan d’amélioration de la performance globale du ministère, de ses politiques, de ses partenariats et de ses services, notamment la satisfaction des usagers (clients) et du personnel du ministère;
• veille à faire de l’atteinte des résultats une exigence institutionnelle du ministère en recentrant notamment les priorités sur les résultats/impacts et non sur les ressources lintrants et activités ;
• développe, en collaboration avec le Cabinet du Ministre et en liaison avec les autres départements ministériels, des partenariats, des réseaux et des concertations avec le secteur privé, la société civile, les usagers/clients, les Partenaires Techniques et Financiers aux plans national et international ;
• élabore, met en œuvre, évalue et capitalise le plan de réforme, de modernisation et de transformation de la culture administrative au sein du ministère ;
• assure l’élaboration d’un rapport annuel de capitalisation des bonnes pratiques pour consolider les acquis et enrichir la culture administrative ;
• exécute toutes autres tâches à lui confiées par le Ministre dans le strict respect des lois et règlements. 
• Le Secrétariat  Général du Ministère est dirigé par un Secrétaire Général assisté d’un Secrétaire Général Adjoint.